Чаще всего проблема при проверке ЭЦП возникает если не верно выбрана принадлежность владельца ЭП,

Если ключ электронной подписи получено на физ. лицо то проверка подписи будет проходить корректно только в разделе «Физические лица», если же ключ электронной подписи получен на руководителя организации то производить вход и проверять корректность работы следует в разделе «Юридические лица»